福州大学机械工程及自动化学院前身是机械工程系，于1958年成立，是建校初期最早成立的五个系之一。初期仅有机械制造工艺与设备，热加工工艺与设备两个专业，由厦门大学代招第一届学生，1959年开始独立招生。1960年，机械工程系师生由厦门大学迁来福州，在党的教育方针指引下，艰苦建系，勤俭办学，得以快速发展，至“文革”前，师资队伍、实验设施已初具规模。

“文革”十年，机械工程系仍然坚持教学科研，于1970年开办工农兵试点班，1972年开始招收第一届工农兵学员，1973年成立金属材料及热处理专业。全国恢复高考后，机械工程系渐入正轨。1985年成立汽车专业；1987年成立机电一体化专业；1991年铸造工艺与设备专业拓宽为热加工工艺与设备专业；1993年金属材料及热处理专业拓宽为材料科学与工程专业；1994年在机械制造工艺与设备专业基础上，把机械制造工艺与设备、机电一体化、矿山机械、轻工机械、汽车五个专业合并，成立机械电子工程专业。1995年，机械电子工程与材料科学与工程两个学科，均获批为福建省“211工程”重点学科。研究生教育也得到长足发展，1986年金属材料及热处理专业和机械制造工艺与设备获得硕士学位授予权；1991年增设固体力学硕士点；1993年取得了热加工工艺与设备专业的硕士学位授予权；1997年报批了机械设计及理论硕士点；1999年新增机械电子硕士学位点；2001年增设了机械工程硕士学位点（工程硕士）；2003年新增车辆工程硕士学位点，同年机械设计及理论学科获博士学位授予权。2003年5月在原机械工程系的基础上成立了机械工程及自动化学院。

目前，学院涵盖机械工程、力学和材料工程三个一级学科，并设有机械工程一级学科博士点、机械专业学位博士点及机械工程博士后科研流动站。机械工程学科入选福建省高水平大学“双一流”高峰学科建设计划，并在教育部学科评估中位列福建省首位。学院下设机械设计系、机电工程系、材料成型系、车辆工程系和本科教学实验中心。现已形成了本科、硕士研究生、博士研究生和博士后的人才培养体系，成为福建省机械工程高端人才培养的摇篮、机械科学创新研究的高地，以及机械工业创新发展的重要引擎。

面向未来，学院紧密围绕福州大学“建设具有若干世界一流学科的国际知名高水平大学，早日成为世界一流的东南强校”的宏伟目标，以一流学科建设为核心，全面推进新一轮创新创业，努力为我国及福建省的经济建设、社会发展和科技进步作出更大贡献。